Γενικά πιστεύεται, όχι μόνο στην Ελλάδα, πως ο αγαπημένος μαθητής του Ιησού ήταν ο Ιωάννης που έγραψε το Ευαγγέλιο και την Αποκάλυψη.
Αυτό δεν ευσταθεί. Τα τεκμήρια είναι ισχυρότατα και οφθαλμοφανή και μόνο η δύναμη της αδράνειας και η συνήθεια της επανάληψης τόσο στους πιστούς όσο και στους εκκλησιαστικούς συνεχίζουν αυτό το τροπάρι.
Στο 1.16 του του Κατά Ιωάννη διαβάζουμε « Και αύτη εστίν η μαρτυρία του Ιωάννου». Λίγο νωρίτερα στο 1.15 πάλι διαβάζουμε « Ιωάννης μαρτυρεί». Αλλά ο Ιωάννης αυτός είναι ο Βαπτιστής.
Ο ευαγγελιστής αναφέρεται στο κεφ. 21 στο τέλος (εδάφια 20-25). Είναι δε πολύ παράξενο το όλο απόσπασμα. Ο Πέτρος βλέπει να τους ακολουθεί (δηλ. τον Πέτρο και τον Ιησού) ο μαθητής που στο Μυστικό Δείπνο έγειρε το κεφάλι του στο στήθος του Χριστού λέγοντας «Κύριε ποιος θα σε προδώσει; (18. 23-26). Και ο Πέτρος ρωτά «και αυτός τι ακριβώς είναι, τι θα κάνει;» Τότε ο Ιησούς λέει, Αυτόν θέλω μένειν έως έρχομαι: Αυτός θέλω να μείνει ωσότου [επαν]έλθω! Εσένα τι σε νοιάζει; Και αυτά τα λόγια πέρασαν στους αδερφούς μαθητές πως «Εκείνος ο μαθητής δεν θα πεθάνει.» Μα ο Ιησούς δεν είπε αυτό. [Με άλλα λόγια, άρχισαν οι παρερμηνείες των λόγων του Ιησού πριν ακόμα αποδημήσει!]
«Ούτος εστίν ο μαθητής ο μαρτυρών περί τούτων και γράψας ταύτα» (21.24): αυτός είναι ο μαθητής που είδε ως μάρτυρας αυτά και τα έγραψε. Και συνεχίζει «οίδομεν ότι αληθής εστίν η μαρτυρία» (= γνωρίζουμε πως η μαρτυρία του είναι αλήθεια): Εδώ όμως έχουμε πληθυντικό. Αυτός που γράφει το Ευαγγέλιο είναι πολλοί, οι οποίοι αντιγράφουν και αναμεταδίδουν με τις δικές τους διατυπώσεις και τροποποιήσεις κάποιο κείμενο που κάποτε είχε γράψει ο ανώνυμος μαθητής «ον Ιησούς ηγάπα» που ο Ιησούς αγαπούσε!
Δεν υπάρχει καμιά αξιόπιστη μαρτυρία στα 4 κανονικά Ευαγγέλια, ούτε καν στα Γνωστικά κείμενα πως ο Ιωάννης ήταν ο αγαπημένος μαθητής που έγραψε το κείμενο του Ευαγγελίου ή την αρχική πηγή.
Ξένοι ειδικοί στην Καινή Διαθήκη πιστεύουν πως η ιδέα του «αγαπημένου μαθητή» (που δεν υπάρχει στα άλλα τρία) εισήχθη ως αντίβαρο για τον Πέτρο (Dick Hartfield, Elaine Pagels).
Σε αυτό το τελευταίο απόσπασμα ιδίως, ο Πέτρος παρουσιάζεται ως ζηλόφθων προς εκείνον τον μαθητή. Φαίνεται πως ο συγγραφέας του 4ου Ευαγγελίου ήθελε να μειώσει τη σπουδαιότητα του Πέτρου ο οποίος ίσως είχε αρχίσει να αποκτά βαρύτητα, ίσως μεγαλύτερη και από του Ιακώβου, αδελφού του Ιησού.
Οι ερμηνείες και παρερμηνείες σε όλα αυτά έχουν πολύ λεπτές αποχρώσεις και δυστυχώς δεν έχουμε πολύ αξιόπιστες μαρτυρίες από την εποχή του ίδιου του Ιησού ή αμέσως μετά. Όλα τα κείμενα της Καινής Διαθήκης είναι γραμμένα μετά το 80 ή και το 100 κε. Το δε κείμενο του 4ου Ευαγγελίου τοποθετείται περίπου στο 120 κε.
