Όλοι συμφωνούν πως το Ευαγγέλιο του Ιωάννη διαφέρει σημαντικά από τα άλλα τρία. Πολλοί λόγιοι της Δύσης υποστηρίζουν πως γράφτηκε μετά από τα άλλα τρία, μα η συγγραφή των ΤΚΕ (4 κανονικών ευαγγελίων) δεν είναι τόσο απλό ζήτημα. Είναι οπωσδήποτε πιο θεολογικό και παρουσιάζει τον Ιησού ως σχεδόν απόλυτα θεϊκό παρότι θεάνθρωπο.
Ο Ωριγένης (περ 185 – 253 περ, Αλεξάνδρεια) έγραψε υπέρ αυτού του ευαγγελίου στο Σχόλιο του πάνω στο Ιω10.4-6 λέγοντας – «Παρότι [ο Ιωάννης] δεν λέει πάντα την αλήθεια κυριολεκτικά, ωστόσο τη λέει πνευματικά».
Τα άλλα ευαγγέλια δεν έχουν την κοσμολογική ευρύτητα του Ιωάννη και δεν παρουσιάζουν τον Ιησού ως προϋπάρχοντα, θεόν εκ θεού και ως Δημιουργικό Λόγο (Ιω1.1-14). Στον Μάρκο ο Ιησούς γίνεται Υιός του Θεού στη Βάπτιση χωρίς να ταυτοποιείται ως θεός εκ θεού. Στους Ματθαίο και Λουκά ο Ιησούς είναι Υιός του Θεού από την ίδια τη σύλληψη του στην Μαρία. Στον Ιωάννη από την αρχή ο Λόγος-Ιησούς είναι κοσμογονικός και ανθρωπογονικός: «το φως που φωτίζει κάθε άνθρωπο ερχόμενον εις τον κόσμο… και ο λόγος σαρξ εγένετο…»
Η σταύρωση στον Ιωάννη συμφωνεί σε σημαντικό βαθμό με τη σταύρωση στον Λουκά και διαφέρει από τους Μάρκο και Ματθαίο. Ο Ιησούς δεν εκδηλώνει καμιά αμφιβολία ή απελπισία (Κύριε γατί με εγκατέλειψες; Ματθ27.46). Όπως στον Λουκά (όπου ο Ιησούς συγχωρεί τους στρατιώτες και λέει στον ένα ληστή πως θα είναι στον παράδεισο), ο Ιησούς έχει έλεγχο και λέει στον μαθητή του να φροντίζει τη μητέρα του και στη μητέρα του «Να ο γιος σου» (Ιω19. 17-26).
Εδώ έχουμε και τον αγαπημένο μαθητή ο οποίος δεν αναφέρεται στα άλλα ευαγγέλια ως «ο μαθητής τον οποίο αγαπούσε» ο Ιησούς (Ιω13.23).
Στον Ιωάννη μόνο επίσης βλέπουμε τον Θωμά να έχει αμφιβολίες μετά την Ανάσταση του Ιησού (21.25-29). Προφανώς, ήδη από τον 2ο αιώνα υπήρχαν διαφορετικές ομάδες ή σχολές ή φατρίες Χριστιανών και η καθεμιά ήθελε να επικρατήσει ο δικός της Χριστιανισμός.
Οι χρονολογίες επίσης είναι διαφορετικές σε ορισμένα σημεία. Ο καθαρισμός του ναού γίνεται πολύ νωρίς στον Ιωάννη (2.12-16) ενώ στον Ματθαίο είναι την Κυριακή των Βαΐων (21.12-13). Η σταύρωση στον Ιωάννη γίνεται 12:00 μεσημέρι (έκτη ώρα) την παραμονή του Πάσχα (19.14) ενώ στον Μάρκο γίνεται την 3η ώρα την επομένη του Πάσχα (κεφ.15.25). Ας σημειωθεί πως το Κατά Μάρκον θεωρείται το πρώτο των ΤΚΕ.
Στην Ανάσταση, ο Ιωάννης ακολουθεί ή συμφωνεί αρχικά με τον Λουκά. Όμως δεν έχει τις γυναίκες να συναντούν πρώτες τον αναστημένο Κύριο μα τους δυο μαθητές, τον αγαπημένο και τον Πέτρο! (Αυτή η διαφορά, όπως τόσες άλλες δεν φαίνεται να ενοχλεί καθόλου τους θεολόγους και ιερωμένους.)
Η μεγάλη ψαριά των μαθητών γίνεται στον Λουκά 5.4-6 πριν τη σταύρωση, μα στον Ιωάννη 21.6,11, μετά την Ανάσταση!
Μια άλλη σημαντική διαφορά σχετίζεται με την ανάσταση του Λαζάρου.
Η οικογένεια του Λαζάρου ολόκληρη εμφανίζεται μόνο στον Ιωάννη (κεφ. 11,12) και η ανάσταση του Λαζάρου γίνεται η αφορμή για τη σύλληψη του Ιησού, διότι πολλοί πήγαιναν, έβλεπαν τον Λάζαρο ζωντανό και πίστευαν στον Ιησού.
Οι αδελφές Μάρθα και Μαρία εμφανίζονται στον Λουκά επίσης, μια γυναίκα του πλένει τα πόδια και τα αλείφει με μύρο σαν τη Μαρία (Ιω12,3) στο σπίτι του Φαρισαίου Σίμωνα (Λκ7.37).
Παρά τις διαφορές του με τα άλλα τρία, το ευαγγέλιο του Ιωάννη έχει και αρκετές ομοιότητες με αυτά όσον αφορά πολλά περιστατικά. Αλλά δεν αναφέρει τίποτα για τη θεία σύλληψη, τη γέννηση, τους μάγους ή βοσκούς και παρόμοια.
Ξεκινά άμεσα με την κοσμογονική και ανθρωπογονική θεολογία, τη βάπτιση όπου το Πνεύμα κατεβαίνει ως περιστέρι (Ιω1.31-34) και τη διδασκαλία και τον γάμο της Κανά στο 2ο κεφάλαιο.
